La prima fase dell'esplorazione rettale è l'ispezione: bisogna valutare l'ano e la cute perianale, la presenza di dermatiti, lesioni eritematose con associati o meno ascessi consensuali, condilomi, marische anali, polipi sentinella, gavoccioli emorroidari esterni o franco prolasso rettale, orifizi esterni di tramiti fistolosi, neoformazioni rilevate, piatte o ulcerate. L'ispezione deve comprendere anche la regione sacro-coccigea, che comunque si valuta meglio in posizione prona. Qualunque lesione dovrà essere palpata delicatamente onde definirne le caratteristiche principali: la sede va specificata considerando l'ano come un orologio con le ore 12 anteriormente e le 6 posteriormente.

Successivamente, dopo aver informato il paziente su tutte le operazioni che vengono eseguite, si introduce delicatamente il dito indice della mano destra, adeguatamente umettato, nell'ano-retto. Si valuterà la facilità d'ingresso del dito esploratore ed il tono sfinteriale basale, in fase di rilasciamento e sotto contrazione, la presenza di ragade anale o di tramite fistoloso, gavoccioli emorroidari interni, neoformazioni, etc. Per ogni lesione riscontrata dovra identificarsi la sede con la regola dell'orologio sopra descritta. Andranno descritti i caratteri della mucosa rettale, che normalmente risulta essere liscia, soffice e scorrevole sui piani sottostanti.

Anteriormente, circa 1-2 cm sopra la linea pettinata, e per 3 cm in senso craniale, è possibile apprezzare negli uomini la ghiandola prostatica. Questa normalmente risulta essere di consistenza parenchimatosa, composta da due lobi simmetrici separati da un solco mediano ben apprezzabile, delle dimensioni di una castagna, generalmente non dolorabile.

L'esplorazione rettale termina con la valutazione del materiale presente sul dito esploratore in uscita (feci, sangue, muco, altro).L'esplorazione rettale potrebbe essere impedita da una stenosi anale serrata e disturbata dalla presenza di abbondanti feci in ampolla rettale.